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La bobina produce un campo magnético con las líneas de flujo pasando a través del cráneo del paciente , penetrando en el tejido cerebral. El campo magnético genera un campo eléctrico dentro del cerebro, el cual a su vez induce una diferencia de potencial entre neuronas. Este voltaje causa la estimulación necesaria , para producir un potencial de acción con la consiguiente despolarización transmembranaria.